Від свого заснування Одеса розвивалась як багатонаціональне місто, в якому єврейська громада становила значну частину населення. За переписом 1897 р. євреї складали 30,8 % одеситів. Проте, саме в Одесі у 1821 р. відбувся перший у Російській імперії єврейський погром, який повторився у 1859 р. та 1887 р. Антисемітські настрої, що знаходили напівофіційну підтримку в урядових колах, значно посилилися з воцарінням у 1881 р. Олександра ІІІ. Вже навесні 1881 р. півднем і південним заходом країни прокотилася хвиля антиєврейських погромів. Провокатори підбурювали міське населення до участі в заворушеннях. Вони поширювали чутки, що погроми негласно санкціоновані владою через начебто причетність євреїв до вбивства царя – імператора Олександра ІІ. Місцева влада та поліція практично не перешкоджала погромникам, загалом, симпатизуючи їхнім намірам. В цих трагічних подіях народилася єврейська самооборона.
Нова хвиля погромів прокотилася імперією за Миколи ІІ, наприкінці 1890-х рр. і в перші роки ХХ ст. Наймасштабнішими і найжорстокішими за своїм характером були Кишинівський погром у 1903 р., жовтневі погроми у Катеринославі та Одесі у 1905 р., кривава бійня у Білостоці у 1906 р. Погроми 1905–1907 рр. відрізнялися від попередніх тим, що носили не стихійний, а організований характер. Організаторами були крайні праві політичні сили: «Союз руського народу» та «Союз Михаїла Архангела».
Початок погромів ХХ ст. тісно пов’язаний з подіями першої російської революції, яка почалася 9 січня 1905 р. 30 жовтня (17 за старим стилем) 1905 р. внаслідок поглиблення політичної, соціальної та економічної кризи, імператор Микола ІІ видав Маніфест, яким проголошував низку демократичних свобод: зібрань, преси, віросповідання, союзів та об’єднань. Оголошення Маніфесту викликало підтримку демократично налаштованої частини суспільства, а також прихильників революційних змін. 31 жовтня 1905 р. в Одесі почалась демонстрація, учасниками якої були здебільшого євреї з числа прихильників лівих партій. Замість поліції, що полишила свої місця чергування, порядок підтримувала студентська міліція разом із єврейською самообороною. Між учасниками революційної маніфестації та робітниками, які відмовились до неї приєднатись, сталася бійка, що мала продовження наступного дня. 1 листопада пройшла так звана «патріотична» хода під державними прапорами, портретами Миколи ІІ та іконами. По її завершенні розпочалися сутички між прибічниками різних політичних поглядів, які переросли у антиєврейський погром. За кілька годин погром охопив усе місто та навколишні села і тривав наступні два дні за повної бездіяльності військових та потуранні міської влади. Відома заява градоначальник Одеси Д. Нейдгардта, яку він зробив на нараді поліцейських: «Треба визнати, що всі ми в душі співчуваємо цьому погрому. Але ми не повинні переносити злобу, яку ми, можливо, маємо проти євреїв, у нашу службову діяльність».
Лише 3 листопада командуючим військовим округом генералом О. Каульбарсом було оголошено про застосування жорстких заходів проти усіх учасників безладів, у тому числі загонів єврейської самооборони. Наступного дня війська та поліція зупинили заворушення. Точна кількість жертв Одеського погрому не встановлена. За даними поліції та міської влади під час погрому було вбито понад 500 євреїв, зокрема дітей і жінок, десятки тисяч залишились без житла, розграбовано та зруйновано понад 1 600 приміщень, які належали євреям.
Погроми 1905–1907 рр. стали причиною другої хвилі масової єврейської еміграції з Російської імперії. Від погромів 1881 р. до Першої світової війни її залишило майже два мільйони євреїв, переважна більшість яких оселились у США.